Permasalahan tersebut antara lain rata-rata SDM memiliki tingkat pendidikan yang rendah dan sulit untuk diajak bekerjasama, kerjasama yang terjadi diantara anggota suatu klaster (baik kerjasama antara sesama pengusaha batik aupun kerjasama antara pengusaha batik dengan pemasok) masih kurang efektif, belum memiliki kemampuan yang baik dalam memasarkan produk yang dihasilkan, serta peran pemerintah dalam pengembangan Klaster Industri Batik di Pekalongan dirasa masih kurang. Adanya permasalahan ini telah menyebabkan tidak semua klaster industri batik di pekalongan yang dibentuk oleh pemerintah dapat berkembang dengan baik. Diantara sepuluh sepuluhr Klaster Industri Batik di Pekalongan, hanya tiga diantaranya yang menunjukkan perkembangan yang cukup baik. Ketiga klaster tersebut adalah Klaster Kampoeng BatikKauman, Klaster Kampung Wisata Pesindon, dan Klaster Batik Jenggot. Ketiga klaster ini memiliki jumlah unit usaha relatif banyak dibandingkan dengan ketujuh klaster lainnya sehingga dapat menyerap lebih banyak tenaga kerja. Ketiga klaster ini telah didukung pula oleh pelaku-pelaku di dalam klaster yang telah mampu mengadakan kerjasama yang baik dan menumbuhkan budaya saling berbagi di dalam klaster. Secara rinci, perbandingan antara Klaster Kampoeng Batik Kauman, Klaster Kampung Wisata Pesindon, dan Klaster Batik Jenggot dengan ketujuh klaster lainnya dapat dilihat pada Tabel 1 berikut.