Novel miRNA identification was carr

Novel miRNA identification was carried out using miRCat, selecting default parameters except for read abundance (2 or greater; Moxon et al.,2008), and predicted miRNA precursors were folded using RNAfold from the Vienna RNA package (Hofacker, 2003). The novelty of miRNAs was
confirmed by sequence alignment of individual species to the miRBase registry (version 18) using BLASTN and authorizing a maximum of two mismatches. miRNA abundance profiling was done using the miRProf algorithm, allowing two mismatches and/or overhangs for the sequence search and selecting default values for output grouping (Moxon et al., 2008).miRNA target predictions were carried out with the Target Finder algorithm(Allen et al., 2005; Fahlgren et al., 2007). miR171 family sequence alignments were performed using Clustal 2.1 and sequences from the miRBase registry (version 18). Promoter analyses were carried out through the Plant CisActing Regulatory DNA Elements database (www.dna.affrc.go.jp/PLACE/;Higo et al., 1998).

結果 (中文) 1:

使用 miRCat，除了读取丰度 （2 或更大 ； 默认参数选择进行新型米尔鉴定Moxon et al，2008年)，和预测的米尔前体被折叠使用 RNAfold 从维也纳 RNA 包 （Hofacker，2003年）。新奇的 Mirna 是
由 miRBase 注册表 (版本 18) 个别品种的序列比对确认使用 BLASTN 和授权最多的两个不匹配。做米尔丰度分析是使用的 miRProf 算法，允许两个不匹配和/或出挑的序列搜索并选择输出分组 (Moxon et al.，2008年） 的默认值。米尔目标预测进行了目标 Finder 算法 (Allen et al.，2005 年 ；Fahlgren et al.，2007年)。miR171 家庭序列比是从 miRBase 注册表 (版本 18) 使用 Clustal 2.1 和序列执行的。通过植物 CisActing 调控 DNA 元件数据库进行了启动子分析 （www.dna.affrc.go.jp/ 的地方 /;肥后 et al.，1998年)。

結果 (中文) 2:

新颖的miRNA识别进行了使用miRCat，选择除了读丰度的缺省参数（2或更大;莫克森等人，2008），和预测的miRNA前体是用RNAfold从维也纳核糖核酸包（霍法克，2003）折叠。miRNA的新颖性是
使用BLASTN和授权最多两个不匹配由单个物种的序列比对确认到注册表的miRBase（版本18）。都采用了miRProf算法miRNA的丰度分析，让两个不匹配和/或悬为序列搜索和输出分组选择默认值（莫克森等，2008）。miRNA靶标预测进行了与目标搜索算法（阿伦等人，2005; Fahlgren等人，2007）。miR171家族序列比对采用CLUSTAL 2.1，并从注册表中的miRBase（版本18）序列进行。启动子分析，进行了通过植物CisActing调节DNA元件数据库（www.dna.affrc.go.jp/PLACE/; Higo等，1998）。

結果 (中文) 3:

新的miRNA的识别是利用mircat进行，选择默认参数除了读丰度（2或更高；Moxon等人。，2008），和预测的miRNA前体折叠使用从维也纳RNA包RNAfold（霍法克，2003）。miRNAs的新颖性是
由个别物种对miRBase注册表序列比对确认（18版）使用BLASTN和授权的一个最大的两个错配。miRNA的丰度分析进行了mirprof算法，允许两个错配序列搜索和/或悬和选择输出分组的默认值（Moxon等人。，2008）。miRNA靶标预测与目标搜索算法进行（艾伦等人。，2005；法尔格伦等人。，2007）。mir171家族的序列比对使用从miRbase注册表2.1序列进行比对（18版）。启动子分析，通过植物顺式作用的DNA调控元件库进行的（www.dna。affrc。去。JP /地方/；该等人。，1998）。