Longitudinal studies are equally re

Longitudinal studies are equally relevant for studying the dynamics of microbiomes outside the human body (FIG. 2). For example, one study explored the interplay between viral and microbial populations in human-controlled aquatic environments (aquaculture and solar saltern ponds)39. Theoretical models predict that such communities should follow ‘kill-the-winner’ dynam-ics: as a microbial species becomes more dominant, its
interactions with predatory phages increase, ultimately leading to population decline. The cycle then repeats for the next microbial species rising to dominance, always driving the community away from a homogeneous state. Contrary to this model, earlier empirical observations had shown that similar communities maintained sur-prisingly stable composition and metabolic potential. By using temporal metagenomic analysis, this apparent paradox was resolved by demonstrating that although composition remained stable at the species level, dis-tinct microbial strains within those species displayed kill-the-winner dynamics, as predicted by the theoretical model. Therefore, although the net abundance of strains within a species remained stable, individual strains grew or declined according to strain-specific phage predation. These findings highlight the advantages of integrating strain-level profiling with longitudinal sampling and serve as a reminder of the benefits of considering alternative metagenomic sequencing strategies (FIGS 1,2).

結果 (中文) 1:

纵向研究是微生物的同样适用于研究动力学外人体 (图 2)。例如，一项研究探讨了相互作用之间的病毒和微生物种群在人为控制水生环境 （水产养殖和太阳能盐场池塘） 39。理论模型预测这样的社区应遵循杀赢家乐美 ics︰ 随着微生物物种变得更占主导地位，其与掠夺性的噬菌体的相互作用增加，最终导致人口下降。然后循环重复下一个微生物物种上升到主导地位，总是开车离开齐次状态的社会。与此模型中，早些时候经验主义的观察表明相似的社区保持 sur prisingly 稳定的组成和代谢的潜力。通过使用时态宏基因组分析，这个明显的矛盾解决了证明虽然组成物种水平保持稳定，在这些物种中的不同微生物菌株显示杀赢家动力学，作为预测的理论模型。因此，虽然净丰富的物种内株保持稳定，个别品种增长或下降毒株特异性噬菌体捕食。这些研究结果突出显示将整合应变水平与纵向取样分析的优势，作为一个提醒考虑替代宏基因组测序策略 （无花果 1，2） 的好处。

結果 (中文) 3:

纵向研究，研究人体外的微生物动力学均有关（图2）。例如，一个研究病毒和微生物种群之间的相互作用在人类控制水环境（养殖和盐场塘）39。理论模型预测，这样的社区应该遵循“杀死冠军的动态：作为微生物物种就更占优势，其
掠夺性的噬菌体增加相互作用，最终导致人口下降。的周期，然后重复的下一个微生物物种上升到优势，总是推动社会远离一个均匀的状态。与此相反的模式，早期的实证观察表明类似的社区保持稳定的组成和代谢潜力惊人地。利用时间的宏基因组分析，证明虽然构成保持稳定，在物种水平上解决这个明显的矛盾，这种疾病的微生物菌株显示内杀死赢家动力学理论模型所预测的。因此，虽然一个物种内的菌株的净丰度保持稳定，个别菌株的增长或下降，根据应变特定的噬菌体捕食。这些发现强调了整合优势菌株水平剖面纵向采样和作为一个提醒的考虑替代宏基因组测序策略的好处（图1,2）。