เรือโดยสารคลองพระโขนงดำเนินการโดยกลุ่มเดินเรือพระโขนงเนื่องจากเกิดปัญหาการจราจรติดขัดบนถนนอ่อนนุช ประชาชนที่อยู่อาศัยริมคลองพระโขนงจึงรวมกลุ่มกันขออนุญาตเดินเรือโดยสารบนเส้นทางพระโขนง-ตลาดเอี่ยมสมบัติเพื่อเป็นอีกทางเลือกหนึ่งในการเดินทางให้กับชุมชนในละแวกนั้น โดยมีระยะทางประมาณ 9 กม. เชื่อมต่อกับรถไฟฟ้า BTS ที่สถานีอ่อนนุชและสถานีพระโขนงบริเวณท่าพระโขนง