In many cases, the homology that is

In many cases, the homology that is inferred from
structure has allowed interesting functional assignments
to be made. For example, a hypothetical Saccharomyces
cerevisiae protein was found to be a triosephosphate isomerase
(TIM) barrel, the active site of which looks like
alanine racemase, and preliminary studies indicate that it
does have that biochemical activity16.However, homology
has not proved to be definitive; indeed, of the ten
structures solved by Christendat and co-workers, in no
case did structurally inferred homology alone provide a
robust functional prediction31. In several cases, common
ancestry inferred from structure has not reflected
common function; for example, Methanobacterium
thermoautotrophicum MTH538 closely resembles the
Escherichia coli response regulator CheY, but could not be
shown to have any related aspartate-kinase activity81.
Furthermore, two close homologues of unknown molecular
function — YjgF from E. coli and YabJ from Bacillus
subtilis — were both found to be similar in structure to
chorismate mutase.However, the completely different
active sites precluded the possibility of these proteins
sharing chorismate-mutase function with their structurally
similar homologue50,51. So, although structural
analysis failed to show the role of YjgF and YabJ, it was key
in allowing the researchers to realize that their homology
did not reflect similar activity. Structure determination of
M. thermoautotrophicum MTH1175 likewise showed
structural similarity to E. coli RNaseH, but did not support
a shared function between the two82.Because active
sites can occur in different contexts and can change in
homologous proteins, several automated methods have
been developed to seek similarity in active sites to predict
function83–85 or specificity86,87; however, the application of
these methods has not yet been described for the handful
of published structural genomics proteins.

結果 (中文) 1:

在许多情况下，推断的同源结构使得有趣功能分配被做。例如，假设的酿酒酵母蛋白被发现是磷酸丙糖异构酶(TIM) 桶，其中活性部位看起来像丙氨酸消和初步的研究表明它有那生化 activity16。然而，同源性证明不是最终的决定;事实上的十Christendat 和同事们，在没有解决的结构情况一样结构推断的同源单独提供鲁棒的功能 prediction31。在一些情况下，共同从结构中推断的祖先并没有反映常见的功能;例如，甲酸甲烷杆菌thermoautotrophicum MTH538 相似大肠埃希氏大肠杆菌反应调节崔氏，但不是能证明有任何相关的天冬氨酸激酶 activity81。此外，两个关闭未知分子的同系物功能 — — 从大肠杆菌和芽孢杆菌 YabJ YjgF枯草 — — 时都可得到类似于结构中分支酸变位酶。然而，完全不同活性位点排除这些蛋白质的可能性共享与分支酸变位酶功能及其结构类似 homologue50，51。所以，尽管结构分析未能显示角色的 YjgF 和 YabJ，它是关键在允许研究人员意识到它们的同调群没有反映类似活动。结构的测定M.thermoautotrophicum MTH1175 同样显示大肠杆菌 RNaseH 的结构相似，但不是支持two82 之间的共享的功能。因为活动网站可以出现在不同的上下文中，并可以改变同源蛋白，几个自动化方法有已开发寻求活性位点预测的相似性function83-85 或 specificity86，87;然而中的应用这些方法有没有被描述过的少数出版结构基因组学蛋白质。

結果 (中文) 2:

在许多情况下，是从推导出的同源性
结构已经允许有趣官能分配
作出。例如，一个假想的酿酒
酵母蛋白质被发现是一磷酸丙糖异构酶
（TIM）桶，其中活性位点的样子
丙氨酸消旋酶，和初步研究表明，它
不具有生化activity16.However，同源性
还没有被证明是明确的; 的确，十
由Christendat解决结构和同事，在没有
的情况下那样在结构上推断同源单独提供一个
坚固的官能prediction31。在一些情况下，共同
从结构推断祖先还没有反映
共同的功能; 例如，
甲烷嗜热MTH538酷似
大肠杆菌反应调节崔泰源，但不能
显示出具有任何相关的天冬氨酸激酶activity81。
另外，未知分子的两个亲密的同源
功能-从大肠杆菌和YabJ YjgF芽孢
杆菌-均被认为是在结构上类似的
分支酸mutase.However，完全不同的
活性位点排除这些蛋白质的可能性
共享分支酸-酸变位酶其结构功能
相似homologue50,51。这样，虽然结构
分析未能显示YjgF和YabJ的作用，这是关键
的，允许研究人员认识到，他们的同源性
没有反映相似的活性。
的结构测定分枝嗜热MTH1175同样显示
结构相似大肠杆菌RNA酶H，但不支持
的two82.Because活性之间的共享功能
位点可以发生在不同的上下文中，可以在改变
的同源蛋白，几种自动方法已
被开发，以寻求活性位点的相似性来预测
function83-85或specificity86,87; 然而，应用
这些方法尚未针对少数描述
出版结构基因组学的蛋白质。因为活性位点可以发生在不同的上下文中，可以在改变的同源蛋白，几种自动方法已被开发，以谋求在活性位点的相似性来预测function83-85或specificity86,87; 然而，应用这些方法尚未针对少数描述出版结构基因组学的蛋白质。因为活性位点可以发生在不同的上下文中，可以在改变的同源蛋白，几种自动方法已被开发，以谋求在活性位点的相似性来预测function83-85或specificity86,87; 然而，应用这些方法尚未针对少数描述出版结构基因组学的蛋白质。

結果 (中文) 3:

在许多情况下，推断的同源性结构允许有趣的功能分配被制造。例如，一个假设的酵母酵母蛋白是一种磷酸丙糖异构酶（提姆）桶，活跃的网站看起来像丙氨酸消旋酶，初步的研究表明确实，生化activity16然而，同源性。没有证明是确定的；确实，十个Christendat和同事解决的结构，不案例结构推断同源性单独提供功能强大的prediction31。在几个情况下，常见的从结构推断的祖先没有反映常见的功能；例如，甲烷杆菌thermoautotrophicum mth538酷似大肠杆菌反应调节崔泰源，但不能显示有任何相关的天冬氨酸激酶activity81。此外，两个封闭的未知分子同系物功能：从大肠杆菌和YabJ from Bacillus YjgF枯草芽孢杆菌-被发现是相似的结构分支酸变位酶。然而，完全不同排除这些蛋白质的活性位点的可能性与他们分享的分支酸变位酶的功能结构类似的homologue50,51。所以，虽然结构分析显示YjgF和YabJ的作用，这是关键允许研究人员认识到它们的同源性没有反映类似的活动。结构测定M. thermoautotrophicum mth1175同样显示E. coli RNaseH结构的相似性，但不支持一个共享的功能之间的two82因为活跃。网站可以发生在不同的情况下，可以改变同源蛋白，几种自动化方法有已开发寻求相似的活性位点预测function83–85或specificity86,87；然而，应用这些方法还没有被描述为少数已发表的结构基因组学蛋白质。