Metabolic pathway reconstruction pr

Metabolic pathway reconstruction presents a challenge for understanding metabolic pathways in organisms of interest. Different strategies, i.e., reference-based vs. de novo, must be used for pathway reconstruction depending on the availability of well-characterized enzymatic reactions. If at least one enzyme is already known to catalyze a reaction, its amino acid sequence can be used as a reference for identifying homologous enzymes in the genome of an organism of interest. Where there is no known enzyme able to catalyze a corresponding reaction, however, the reaction and the corresponding enzyme must be predicted de novo from chemical transformations of the putative substrate-product pair. This review summarizes studies involving reference-based and de novo metabolic pathway reconstruction and discusses the importance of the classification and structure-function relationships of enzymes.

結果 (繁體中文) 1:

代謝途徑重建禮物感興趣的生物理解代謝途徑的一個挑戰。不同的策略，即，參考基於與從頭，必須用於根據良好表徵的酶反應的可用性通路重建。如果至少一個酶已經已知催化的反應，其氨基酸序列可以被用作用於在感興趣的生物體的基因組中鑑定同源酶的參考。在沒有已知的酶能夠催化相應反應，但是，反應和相應的酶必須從推定的基板產品對化學轉化預測從頭。

結果 (繁體中文) 2:

代謝途徑重建為理解感興趣的生物體的代謝途徑帶來了挑戰。不同的策略，即基於參考的與基於的，必須用於路徑重建，具體取決於良好特徵酶反應的可用性。如果已知至少有一種酶能催化反應，其氨基酸序列可用作識別感興趣的生物體基因組中同源酶的參考。然而，如果沒有已知的酶能夠催化相應的反應，則必須從假定基質-產品對的化學轉化中預測反應和相應的酶。本文綜述了涉及參考型和脫代謝途徑重建的研究，並討論了酶的分類和結構-功能關係的重要性。

結果 (繁體中文) 3:

代謝途徑重建對理解感興趣生物體的代謝途徑提出了挑戰。根據具有良好特徵的酶反應的可用性，必須使用不同的策略，即基於參攷的和從頭開始的，來進行路徑重建。如果已知至少有一種酶催化反應，其胺基酸序列可作為鑒定感興趣生物體基因組中同源酶的參攷。然而，如果沒有已知的酶能够催化相應的反應，則必須從假定的底物-產物對的化學轉化從頭預測該反應和相應的酶。本文綜述了基於參攷和從頭代謝途徑重建的研究，並討論了酶的分類和結構-功能關係的重要性。